Hi!
Also ich bin in Sachen Tuning nicht gerade ein Experte, aber wenn Du eine komplette Motor-/Getriebe-Einheit mit Vergaser etc. bekommst, dann ist der Umbau recht einfach. Soweit ich weiß, ist die Bremsanlage beim 1000er und 1300er gleich, bin mir aber nicht ganz sicher.
Es haben nur einige wenige Metros eine höhere Leistung. Was allerdings an den Motoren anders ist, weiß ich nicht. Meiner Meinung nach hat man beim Mini in Sachen Tuning viele Möglichkeiten.
Auch aus Deinem 1000er lässt sich einiges an Mehrleistung herauskitzeln (Suchfunktion benutzen).
Die ersten Tuning-Maßnahmen sind eigentlich ein Fächerkrümmer, eine andere Auspuffanlage (RC40) und eine andere Vergasernadel. Danach kommen bearbeiteter Zylinderkopf und Nockenwelle.
Wenn Du vor hast, eine schärfere Nockenwelle zu verbauen, würde ich Dir empfehlen, dies vor dem Einbau des neuen Motors vorzunehmen, da der Mini eine seitlich liegende Nockenwelle hat, die sich nicht so einfach tauschen lässt.
Aber hier gibt es Experten, die Dich weitaus besser beraten können, als ich das kann. Ich habe übrigens das gleiche vor wie Du, allerdings mit einem 1000er A-Serie-Motor. Aber das wird noch dauern, muss noch sparen 
Gruß
Michael