1000er raus, 1300er rein.
Änderungen an Halterungen und co. sind nicht nötig.
Hast Du schon einen konkreten Motor in Aussicht?
Am günstigsten wäre es, wenn Du den passenden Verteiler mit dazu bekommen kannst.
Bei einem SPI-Motor den Verteiler vom 1000er übernehmen.
Vergaser:
Der HS4 Vergaser vom 1000er reicht auch ersteinmal.
Empfehlenswert wäre aber, einen HS6 oder HIF6/HIF44 zu suchen.
Dann muss das ganez auch nur 1x abgestimmt werden.
Auspuff:
Das Abgassystem vom 1000er ist zu dünn.
Entweder vom 1300er übernehmen, oder gleich ein "Stage1-Kit" für 1300er zulegen. Bestehend aus Fächerkrümmer, Ansaugbrücke, K&N, RC40 und Basis-Nadel (f. Vergaser).
Kühlung:
Beim Kühlsystem gibt es auch noch etwas zu beachten:
Wenn der 1300er nicht über einen Bypass von der WaPu zum Kopf verfügt, wäre es das beste, das Kühlsystem vom Vergaser-Cooper (´91-´92) zu verwenden.
Der Kühler ansich reicht aus. Empfehlenswert wäre aber noch ein elektrischer Zusatz-Lüfter im Kotflügel.
Kühlung Vergaser-Cooper an prä-BKV Mini:
-> http://www.mini-mayfair.net/daten/kuehl1.jpg
Elektrik:
Wenn Du einen alten A- Motor bekommst, musst Du entweder eine moderne Verto-Kupplungseinheit verbauen um den Anlasser+Magnetschalter weiter zu verwenden, oder den Kabelbaum entsprechend umstricken mit externem Magnetschalter.
Mag sein, dass es da aber auch andere Möglichkeiten gibt.
Je nach Zündung kann es da auch noch einige Erfordenisse geben.
Das zeigt sich dann. Ist mir gerade auch nicht geläufig.
Bremse:
Deine Bremsanlage reicht aus.
Sonstiges:
Bei der Gelegenheit würde Ich noch, falls Du den Motor nicht komplett überholen willst, mindestens sämtliche Motorlager erneuern und den Simmerring am Eingang der Schaltung in`s Getriebe sowie die Simmerringe im Differentialausgang erneuern.
Wenn der Steuerkettendeckel dicht ist: lassen.
Wenn undicht: neu abdichten.
Dabei darauf schauen, dass er wieder vollkommen plan eingebaut wird, und die Bohrungen nicht "herausgezogen" sind. Schrauben sind unterschiedlich lang! Auch hier aufpassen.
Bedenke: die meisten Motoren werden nicht verkauft, weil sie in so gutem Zustand sind 
Viel Erfolg!
Gruß,
Jan
PS: Beim Metro-Motor müssen Mini-Motorlager und -Kupplungsbetätigung umgebaut werden.
PPS: 13" ist Optik/Geschmack.
Für den Motor nicht ausschlaggebend. Ausser, das Du mit breiteren Reifen mehr Grip hast. Aber auch mehr Masse, die beschleunigt werden mehr Rollwiederstand der überwindet werden muss. Dem 1300er gelingt das sicher leichter als dem 1000er.