Hallo Felix,
wenn das Klappern wirklich aus dem Getriebe kommt, kann eigentlich nur ein Zahn des Rückwärtsgangs oder des Synchronkörpers beschädigt sein...
Das heisst, das Öl muss auf Späne untersucht werden, damit daraus kein Motorschaden wird.
Wenn es das Rückwärtsgangrad ist, ist es keine grosse Sache ( wenn man erstmal das Getriebe vor sich hat ). Für den Synchronkörper- Tausch muss allerdings die Hauptwelle raus, was etwas schwieriger ist.
In beiden Fällen sollte aber das Getriebe sorgfältig gereinigt werden, was nur perfekt möglich ist, wenn alles zerlegt wird 
Als Endübersetzung würde ich die 3.1er wählen, da der MPi auch damit schon ganz gut schiebt. Wenns auf die Endgeschwindigkeit nicht ankommt, kanns auch die 3.44er sein 
IMHO müssten alle A+ Getriebe passen, aber ich bin kein MPi-Spezi. Wer weiss, was BMW sich alles überlegt hat, um uns das Leben schwer zu machen 
Gruß
Olaf