...nein, da sind keine Probleme zu erwarten.
Beide Geräte (Steuergerät und Marderschreck) müssen die gängigen EMV Richtlinien erfüllen. Das heisst, das der Marderschreck keine "spurious emissions" erzeugen darf, und das Steuergerät sich durch Fremdfelder nicht stören lassen darf. Da hast du also sogar doppelte Sicherheit.
Was die Zündkerzen angeht, so halte ich die Sache mit dem Widerstand für einen unbegründeten Mythos. Das schlimmste was dem Steuergerät passieren kann ist, wenn gar keine Zündkerzen angeschlossen sind. In dem Fall wird fast die gesamte Energie der Zündspule als Gegeninduktion zum Steuergerät zurück geschickt.