Woran es liegt?
Ganz einfach, da ist Luft im System. 
Jetzt wird es aber schwerer. Wo kommt die Luft her, bzw. wo steckt die? 
Du sprichst von Druckabfall, sobald der Motor läuft. Rein von der Logik kommt dann ja nur der Bremskraftverstärker durch den Unterdruck im Ansagtrakt mit hinzu. Folglich muß hier noch Luft vorhanden sein oder der BKV ist defekt.
Vermutlich kannst Du ohne laufenden Motor bei mehrmaliger Bremspedalbetätigung ein hartes Pedal herstellen. Startest Du den Motor sackt das gehaltene Bremspedal etwas ab. Das wäre normal. Bei Dir aber sackt es bis zum Boden. Somit gehe ich davon aus, daß der BKV seine Arbeit verrrichtet, aber der Hauptbremszylinder vor der Montage nicht entlüftet wurde und nun genau dort im Bereich BKV und HBZ irgendwo noch eine Luftblase sitzt.
Vermutlich war auch vorher Luft ins System gekommen und auf Verdacht der HBZ gewechselt, obwohl das gar nicht die Ursache war. Somit könnte die eigentliche Ursache immer noch vorhanden sein. Und hier kommt jede Verbindung und jedes Bauteil in dem Bremsflüssigkeit vorhanden ist als Ursache in Betracht.
Das Rückschlagventil in der Unterdruckleitung würde ich eher als Ursache ausschließen.