Das wird mit Sicherheit zumindest ein Grund, wenn nicht sogar die einzige Ursache sein. Wenn der BKV nicht angeschlossen ist (Leitung offen) zieht der Motor massiv Falschluft und die ECU versucht dagegen anzukämpfen...
Und ja, es ist normal, dass beim Gas geben der Unterdruck abnimmt. Schließlich ist ja die Drosselklappe geöffnet...
Der höchste Unterdruck wird erzeugt, wenn der Motor bei geschlossener Drosselklappe im Schiebebetrieb läuft, also z.B. eingekuppelt und ohne Gas auf die Ampel zu rollen etc...
Deshalb ist auch ein Rückschlagventil in der Leitung eingesetzt, damit der Unterdruck beim Beschleunigen erhalten bleibt und nicht gleich wieder abhaut...
Schließ also erst einmal den BKV ordentlich an und teste danach erneut. Ich denke aber, er braucht dann erst eine Weile, bis er wieder richtig sauber läuft. Die ECU muss sich erst wieder an den korrekten Zustand "gewöhnen"... 
Die Unterdruck-Leitungen inkl. der Winkelstücke und Benzinfalle auf jeden Fall auch prüfen, wie Andy schon geraten hat 
Gruß, Diddi