Erst einmal herzlich willkommen im Forum 
Deine Vorbedingungen für solch ein Projekt (große Garage, Schweißgerät etc.) sind auf jeden Fall besser als bei vielen anderen Leuten hier.
Zusätzlicher Stauraum schadet aber auch nicht, da ein zerlegter Mini etwa das 3-4fache an Platz benötigt, wenn man sich noch bewegen können will

Wenn du mit dem Schweißgerät auch noch gut umgehen kannst, um so besser. Wobei man das mit Übung problemlos lernen kann 
Blechreste dafür werden garantiert reichlich anfallen 
Grundsätzlöich würde ich dir zu Original-Blechteilen raten, da die deutlich weniger an Anpassarbeit erfordern und eine viel bessere Oberflächenbeschichtung haben als Nachbauten.
Sie kosten daher aber auch deutlich mehr. Also sicherheitshalber noch mal durchrechnen 
Auch die anschließende Lackierung in die Rechnung mit einbeziehen, wenn du das nicht selbst machen kannst. Da kommen leicht recht hohe Beträge zusammen.
Der gesteckte Zeitrahmen von 3-4 Jahren sollte auch kein Problem sein. Viele Projekte gehen in deutlich kürzerer Zeit über die Bühne.
Der Mini sollte komplett zerllegt werden.
Dabei viiiiiiele Fotos schießen, da das beim späteren Zusammenbau sehr hilfreich ist. Gleichzeitig die ausgebauten Teile prüfen und auflisten, was Schrott ist, was aufgearbeitet werden kann und was ggf. so wiederverwendet werden kann.
Dabei ist auch ein gedruckter Katalog (bekommt man auch online zum Abspeichern und ausdrucken) sehr hilfreich.
Brauchbares in beschrifteten Kisten etc. einlagern und auf einer Liste notieren, wo diese Kisten eingelagert sind wenn es nicht in der Garage ist.
Das erspart eine Menge an Sucherei, denn ob man sich nach ein paar Jahren noch an alles erinnert (Eichhörnchen)? :D;)
Wenn der Platz in der Garage es zulässt, würde es sich anbieten einen "Drehspieß" für die Karosseriearbeiten zu bauen. Damit werden einige Arbeiten um ein Vielfaches einfacher und damit kann auch später die Karosserie lackiert werden.
Zum Thema Drehspieß einfach mal die Suche bemühen 
Dabei bedenken, dass die komplette Front erneuert werden muss. Dafür muss der Frontrahmen eingebaut werden können 
Beim Motor ist es ja unklar, ob er nun 89.000 oder 189.000 runter hat. Aber auch das sollte kein großes Problem sein.
Wenn "nur" 89.000, dürfte er noch einiges an Leben in sich haben.
Andernfalls bekommt man aber auch brauchbare 998er Motoren für relativ kleines Geld hier im Forum 
Zollwerkzeug sollte auch vorhanden sein, obwohl da auch einiges an metrischem Werkzeug passt. In der Regel ist es dann mit einem Satz Nüssen sowie Maul und Ring-Maul Schlüsseln getan.
Beim Mini wird aber auch einiges an Spezialwerkzeug benötigt.
Da solltest du dir auch das eine oder andere noch zulegen.
Dazu dann gerne mehr, well die Entscheidung für das Projekt gefallen ist 
Ach, und zum Schluß noch eine Warnung: Das Mini-Virus ist in der Regel nicht heilbar :D
Einmal davon befallen, kommt man kaum noch davon los.
Spätestens, wenn man mal einige Zeit einen gefahren hat :thumpsup:
Gruß, Diddi