Hallo René,
zu 1.)
Ich klebe die zu schweißenden Naht-Bereiche ab und lackiere (mit 2K-Primer und irgendeinem 2K-Lack) den Innenbereich der Schweller. Nach dem Schweißen zuerst verdünnten Primer mit einem Pinsel auf alle Falznähte satt auftragen. Der zieht durch Kapilarwirkung weit in die Falze rein. Evtl. hilft auch eine Einwegspritze mit Kanüle. Mit der kann man verdünnten Lack/Primer durch die Lüftungsöffnungen an die Innenseite der Falznaht am Innenschweller spritzen, der sich von allein gut verteilt.
Überschüssigen Primer/Rotznasen sofort wieder entfernen.
Wenn der Primer ausgehärtet ist, das gleiche Spiel mit 2K-Lack wiederholen.
Konservierung/Versiegelung mit Mike Sander´s nach dem Lackieren der Karosserie, sonst "freut" sich der Lackierer
.
Zu 2.)
Grundsätzlich alle Falzreste vollständig entfernen. Mit `ner Flex wegschleifen. Alternativ dünn-schleifen und mit Schraubendreher, Karosseriemeißel, Zange etc. die Reste entfernen und anschließend sauber schleifen.
Läßt du Falzreste stehen, baust du potentielle Rostherde schon bei der Reparatur wieder mit ein = nix gut
.
Verschweißen des Ausßenschwellers:
A-Schweller - Einstieg/Seitenteil = Punktschweißen
A-Schweller - Innenschweller/Bodenblech = dito
A-Schweller - Heelboard = durchgezogene Naht
A-Schweller - Vorderer Innenkotflügel = dito
Ansonsten, wie du schon sagst, die Skizze in dem Allbrit-Link ist sehr anschaulich ;).
Viel Spaß beim "Brutzeln" 
Gruß, Diddi