Der 12G940 ist nicht die beste Wahl. Er passt zwar drauf (mit passender 1275er Kopfdichtung), aber es muss in den meisten Fällen einiges mehr gemacht werden, damit es funktioniert.
Beim 12G940 (1300er Kopf) ist der Abstand zwischen den Ventilen größer und das Einlassventil überragt den Bohrungsrand und kann, je nach Toleranzen, oder ob schon mal geplant wurde, sowie Kipphebel und Nockenwelle, auf dem Block aufschlagen. Daher müssen in den meisten Fällen Taschen in den Block gefräst werden. Bedeutet also Motor komplett zerlegen...
Auch geht die Verdichtung deutlich nach oben, da er den kleinsten Brennraum aller A-Köpfe hat und dann tut sich die Frage auf, funktioniert das mit den vorhandenen Kolben...
Macht eigentlich nur Sinn, wenn der Block eh komplett überholt wird...
Eine bessere Wahl wäre da der 12G295 oder 12G206 Kopf vom 998er Cooper
Leider haben die den größten Brennraum aller A-Köpfe und es muss einiges runter "gehobelt" werden, damit die Verdichtung wieder auf brauchbare Werte kommt. Hast du Muldenkolben verbaut, muss noch mehr runter und man kann in den Ölkanal zur Kipphebelwelle brechen... Es gibt aber Möglichkeiten...
Mit Flachkolben sieht´s schon besser aus...
Die 998er Cooper hatten halt Kolben mit einer D-förmigen Erhöhung, um für den großen Brennraum auszugleichen...
Als Auslasskrümmer würde ich bei einem 998er immer zum Maniflow Freeflow tendieren. Fällt unter´m Auto nicht auf wie ein LCB und bei der erreichbaren Leistung reicht der voll und ganz...
Auspuff ist wieder Geschmachsache. RC40 und Maniflow sind beide Klasse. Zumindest wenn man RC40 in "Edelrost, stahlfrei" wählt. Die gibt´s allerdings nicht in passender Länge für den Van und mann muss eine Verlängerung dazu ordern. Die Edelstahl RC40 hat auch nur die Aufhängung für Einspritzer, aber dafür gibt´s schraubbare Adapter. Meiner Meinung nach die deutlich bessere Variante der Aufhängung.
Die "classic" RC40 in normalem Stahl ist zwar gut, hat einen etwas dumpferen Klang wie Edelstahl, rostet aber recht schnell... Auch bedingt durch die Schellen der Aufhängung...
Die Maniflow hingegen gibt´s passend für den Van und die ist von top Qualität, allerdings nur für die Standard Aufhängung und da neigen die Schellen zum Rosten...
RC40 ist halt optisch recht unauffällig, da sie der originalen sehr ähnlich sieht. Soie fällt beim TÜV in der Regel nicht auf und "RC40" heißt halt "Rover Cooper 40 Jahre" Edition 
Maniflow sieht halt hochwertiger aus und ist dunkelgrün lackiert...
Hast du das Thema TÜV geklärt? 
Meine Meinung:
- 12G295, überholen und planen (lassen) und wenn´s Portemonaie passt, auf Bleifrei umrüsten
- Maniflow Freeflow Auslasskrümmer
- RC40 Edelstahl oder Maniflow
- Dazu die überholte 2-fach HS2
- Ggf. noch einen angepassten Verteiler
- Und abstimmen lassen!!! (du verschwendest sonst Leistung und meistens auch Fahrbarkeit!!!)
...und die Kiste geht für einen 998er schon ganz ordentlich

Gruß, Diddi